La Facultad de Ciencias Agrarias y Naturales, tiene su base en el Instituto de Agronomía y este a su vez en la Escuela de Agricultura, que fue fundada el 18 diciembre de 1953, desarrollando sus actividades en los ambientes del Politécnico Universitario, luego de un año, se trasladó al fundo rústico alquilado en Calapata; posteriormente a la ex hacienda Huayña Pasto Grande. El 4 de diciembre de 1965, por Resolución del HCU se fundó el Instituto de Agronomía, dedicado a la formación de peritos agrónomos en el Fundo Condoriri, que hoy es el Centro Experimental Agropecuario Condoriri (CEAC).
El 13 de mayo de 1983, mediante Resolución del Honorable Consejo Universitario, se crea la Facultad de Ciencias Agrícolas y Pecuarias, a nivel de Licenciatura en Ingeniería Agronómica bajo un sistema anualizado con un plan de estudios propio además de reglamentos. En este periodo se consolidan cuatro menciones o semi especialidades: Fitotecnia, Zootecnia, Desarrollo Rural e Ingeniería Agrícola; y funcionó en predios particulares de la avenida 6 de Octubre y Rodríguez. Para posteriormente ocupar los actuales predios en la Ciudadela Universitaria (zona sud de la ciudad de Oruro).
En la gestión 2015, mediante resolución del Honorable Consejo Universitario N.º 160/2022 se aprueba un nuevo Rediseño Curricular y se denomina Facultad de Ciencias Agrarias Naturales.
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